Банк основан в 1993 году. Современная история БФА Банка началась в 2006 году, когда Банк вошел в число компаний — стратегических партнеров наряду с Инвестиционной компаний БФА и Управляющей компанией БФА, ранее входивших в структуру Промышленно-строительного банка. С началом стратегического партнерства началось интенсивное развитие БФА Банка.
В 2006 году изменился состав акционеров Банка, состоялась регистрация дополнительной эмиссии обыкновенных акций — собственный капитал банка вырос более чем в 20 раз.
В 2007 году состоялось переименование Банка в ОАО «Банк БФА».
В 2011 году Банк получил лицензию на привлечение во вклады денежных средств физических лиц и участие в системе страхования вкладов — началось развитие розничного бизнеса Банка.
В 2012 году открыт филиал «Павелецкий» БФА Банка в Москве. Повышен рейтинг кредитоспособности «Эксперт РА» до уровня «А+», присвоен международный кредитный рейтинг Standard & Poor’s на уровне «B». Банк начал реализацию ипотечных программ для частных клиентов, запустил линейку платежных карт системы VISA.
В 2013 году состоялась дополнительная эмиссия акций Банка — собственный капитал увеличился до 10 млрд рублей. Банк разместил первый выпуск облигаций на сумму 1,5 млрд рублей. Состоялся запуск собственных программ автокредитования.